Il bookshop del Museo degli Innocenti, si presenta come un ampio spazio multifunzionale. Oltre all'area dei servizi di accoglienza nel bancone principale, si trovano libri per bambini e ragazzi selezionati dall'Istituto, i cataloghi, le cartoline, notes, segnalibri, magneti, shopper e accessori in cotone ed ecopelle, che riprendono le principali opere del Museo.
Due isole centrali sono dedicate rispettivamente all'editoria per bambini, scelta per le sue specifiche valenze educative e artistiche, e all'oggettistica e ai giochi per la creatività dei più piccoli. Uno spazio speciale sostiene infine il Progetto Rondini dell'Istituto, con i manufatti realizzati dal Laboratorio Pro-fili, con la collaborazione di alcune importanti aziende fiorentine, tra cui l’Antica Officina del Dr. Vranjes, per i piccoli calchi profumati raffiguranti la copia in scala di uno dei putti di Andrea Della Robbia, simbolo dell'Istituto degli Innocenti e “Signoria Group” per le shopper bag e le borse in tessuto che portano il marchio “Istituto degli Innocenti-Signoria Group”.