Per quanto riguarda l'attività di consulenza l'Istituto degli Innocenti ha attivato negli anni le seguenti collaborazioni:

Ministero del lavoro e delle politiche sociali
Alcune esperienze significative nascono nel quadro di rapporti convenzionali per l’attuazione della  legge 285/97 attraverso la collaborazione con il Ministero del lavoro e delle politiche sociali e le 15 città riservatarie, cioè Torino, Milano, Venezia, Bologna, Genova, Firenze, Roma, Napoli, Bari, Brindisi, Taranto, Reggio Calabria, Catania, Palermo e Cagliari. In questo ambito rientra l’assistenza tecnico scientifica al Progetto sperimentale nazionale per l’inclusione dei bambini rom, sinti e caminanti (2013 – 2016) e al Pon Inclusione per le comunità rom, sinte e caminanti. 

Centro nazionale di documentazione e analisi per l'infanzia e l'adolescenza
Altre esperienze significative sono legate ad attività realizzate nel quadro delle funzioni di Centro nazionale di documentazione e analisi per l’infanzia e l’adolescenza. Da segnalare anche quelle collegate alle fasi iniziali di attuazione della legge 285/97. 

Amministrazioni
Altri interventi sono condotti su richiesta diretta da parte di amministrazioni regionali, comunali od organizzazioni non governative, come ad esempio il supporto tecnico scientifico per la redazione di linee guida per la presa in carico di bambini vittime di maltrattamento (esperienze in Regione Toscana, Molise e Basilicata), la supervisione di operatori dei servizi territoriali, processi di innovazione organizzativa nell’area dei servizi educativi.