L'organizzazione dell'Ente è disciplinata dal Regolamento di Organizzazione e si ispira ai criteri fondanti, tra cui il principio di distinzione fra poteri di indirizzo e di controllo propri del Consiglio di Amministrazione e responsabilità gestionali della struttura tecnico-amministrativa.
Sono organi dell'Istituto: il Presidente, il Consiglio di Amministrazione ed il Collegio dei Revisori dei Conti.
Il Presidente e il Consiglio di Amministrazione sono gli organi di governo dell'Istituto, cui spetta la determinazione dell'indirizzo politico-amministrativo. Il Presidente raccorda l'attività del Consiglio di Amministrazione con quella delle strutture organizzative avendo come referente il Direttore Generale. La struttura organizzativa dell'Istituto si articola in Aree e Servizi, unità permanenti che assicurano l'esercizio di funzioni e attività a carattere istituzionale o continuativo, e in Coordinamenti funzionali e Unità di progetto, strumenti temporanei connessi alla realizzazione di programmi o progetti strategici a termine.
A ciascuna Area è preposto un Direttore, incaricato dal Consiglio di Amministrazione. Le Aree a loro volta sono articolate in Servizi, che fanno capo a un responsabile incaricato dal Direttore di Area (Organigramma) L’Istituto ha adottato, come previsto della normativa regionale, una contabilità di tipo economico disciplinata dal Regolamento di Contabilità e redige dal 2009 il Bilancio sociale.
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